简而言之，随着国地税合并工作渐渐成熟，各辖区征管队伍的人员编制规模逐步扩大，税务稽查体系的随之完善，新政更加明确并强调各部门管理职责，同时加强税局与更新整备局、国土和住建局等政府部门的信息联动功能，通过项目的全程管理实现强化征管的目的，具体规定如下：

1. 土地增值税的主管税务机关是房地产所在地的区税务局；

2. 各区税务局负责辖区内房地产开发项目、自建房、存量房等土地增值税具体管理，包括土地增值税项目管理、预征申报、清算受理、清算审核、土地增值税申报、税收优惠管理等工作（蛇口税务局、前海税务局不负责个人存量房土地增值税征收）；

3. 各稽查局负责查处我市范围内土地增值税偷、逃、抗等税收违法行为。

新政的第四条规定纳税人进行房地产开发，以规划部门审批的《建设用地规划许可证》中的项目名称办理项目登记。同时明确，城市更新项目可结合城市更新项目批复、社会投资项目备案证等情况办理项目登记。

笔者认为，本条款将《建设用地规划许可证》作为区分项目的依据，相较部分地区以《建设工程规划许可证》为准，更具有科学性与实操性。而纳入及放宽城市更新项目登记规则，则是完全考虑到城市更新的业务实质的体现，不过项目批准的主动权仍掌握在税局手中。另外，对于深圳市土地整备利益统筹、棚户区改造等项目是否能够同样适用该款，新政规定并未说明，无论如何确实已然是一种趋势，相信未来亦会逐渐完善。

基于考虑深圳市针对开发商需为政府或公共主体配建并无偿移交保障性住房的特别要求，为降低房地产开发商预缴土地增值税的压力，本次新政明确，经政府部门批准建设的保障性住房，暂不预征土地增值税,但应在取得收入的次月15日内到主管税务机关备案。需注意，保障性住房仅不预征，但并不表示不征收土地增值税。

四、建立“集体合议”机制

新政明确要求建立“集体合议”机制，确保土地增值税清算过程中重大事项的公平公正性，同时多人合议制可提高工作准确性与效率。合议成员由各区税务局自行确定，至少包括3人。笔者总结，其中以下情形需通过集体合议后方可确定执行：

（1）对于分期开发的项目，主管税务机关可结合建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证、预售许可证以及纳税人会计核算情况，经集体合议后，确认按分期建设的项目进行项目登记。

（2）纳税人项目登记后，因有关事项发生变化，确需变更的，应于有关事项发生变化之日起30日内向主管税务机关申请变更项目登记，并报送有关材料，主管税务机关应通过集体合议的方式确认是否变更项目登记。

（3）主管税务机关应在该项目可要求纳税人进行土地增值税清算情形起1年内制定清算计划，清算计划须经过集体合议。

（4）对采取核定清算的房地产项目，由主管税务机关经集体合议后确定。

五、项目清算申报过程仍坚持“三分法”

根据新规内容，纳税人办理清算申报时，对同一开发项目或同一分期项目中既建有普通标准住宅又建有非普通标准住宅、其他类型房地产的，如纳税人申请享受免征普通标准住宅的土地增值税优惠政策，应分别计算增值额、增值率以及应缴的土地增值税。

笔者认为，按新政，假设房地产开发商不进行上述三分法区分的申请，则项目范围内普通标准住宅优惠政策是否可以一并计算土地增值税，就值得商榷了。

六、项目清算过程中明确纳税人义务、延长税务机关办理时间

新政中强调，纳税人应如实申报缴纳土地增值税，并对清算申报的真实性、准确性和完整性承担法律责任。同时对旧规中关于房地产项目登记、变更、清算申报、审核以及缴税时间进行稍微调整，包括不限于：

（1）项目登记后有关事项发生变化确需变更的，由原来10日延长到30日；

（2）清算审核在90日内完成确有困难的，经区税务局批准，可延期90日完成；

（3）纳税人应在收到核定清算通知书之日起30日内办理补、退税。

根据当前实践，房地产项目核定基本上是采用核定开发成本和开发费用的模式。新政亦延续旧规中相关规定，如成本核定可选择以下方式确定：

（1）房地产开发企业上报政府相关部门审定或备案的房地产投资总规模、土地成本、工程造价成本等相关数据或者房地产开发企业在国土产权管理部门办理产权初始登记中有关土地成本以及开发成本等相关数据。

（2）参照住房建设部门公布的建筑工程造价成本。

（3）同一地区、同一类型、同一年度、销售档次相近的房地产开发成本。

同时，新政中规定主管税务机关可以参照房地产开发行业中经营规模、开发模式相近的纳税人在同一地区、同一年度开发的房地产项目的税负水平核定征收率。该款规定也即表明税局具有较强的自由裁量权，换个角度说，对于税企关系维系良好的房地产公司是否亦有一定的沟通空间，笔者在此不再赘述。

而旧规中，针对2005年11月1日之前开发并开始销售到2005年11月1日以后结束的项目可以适用核定征收的规定尽管在新规中并未再提及，但在旧房转让征收管理相关条款中，规定个人转让存量房仍可沿用深地税发[2009]460号文。笔者认为，依照实质性审核原则，若满足相关要求和条件，税局原则上会综合考量而非据实清算。

八、清算后尾盘管理

新规新增开发商清算后的尾盘管理规定，笔者认为，本部分内容是在税务部门在实际项目中对相关问题解决方式的提炼与归纳。对在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后再转让的，纳税人应按月汇总且次月申报。其中，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用(不含与转让房地产有关的税金)乘以清算后转让的面积，再加上清算后转让时缴纳的与转让房地产有关的税金计算。

九、中介机构鉴证管理要求减弱，改为专业服务机构

旧规中针对中介机构鉴证管理的相关条款，在新政中进行规定内容压缩与范围调整，将受托机构是税务中介机构，改为涉税专业服务机构，涉税专业服务机构应出具清算鉴证报告，必要时主管税务机关可要求专业服务机构提供清算鉴证报告的审核工作底稿。

十、核定征收率明确仅限于个人转让旧房

新政中针对旧房转让核定征收率的适用条款进行范围减小，即仅适用个人转让存量房可适用。根据深地税发[2009]460号的规定:对普通标准住宅销售收入核定征收率为6%，对非普通标准住宅销售收入核定征收率为8%，对写字楼、商铺销售收入核定征收率为10%，对其他类型房地产销售收入核定征收率为5%。核定征收税款包含已预征税款。也即明确了实操中我们经常遇到企业通过法院拍卖等其他方式取得房产后再转让过程均不得核定征收。

综上所述，深圳土地增值税新规程很大程度上增加了深圳土地增值税清算的确定性，使地产项目的土地增值税清算更加具备可执行性、公平和透明。建议开发企业面对新规程，应积极地调整心态，从管理方式上突破，以便更好地适应未来的税务征管环境。

附：新旧政策对比分析表