关联企业实质合并这一规则严格来说是对企业法人人格独立的否认。公司法人格独立、有限责任制度作为现代公司法的基石，实质合并这一行为本身在现代公司法框架下饱受争议，在企业破产法中也并无明文规定。

随着当代市场的不断发展和公司经营模式的层出不穷，在现有法律制度体系下处理破产案件的过程中不断出现新的问题。大量企业在经营过程中通过其关联企业进行利益输送、或产生大量的关联债务及互相担保，一旦企业进行破产程序，则其关联企业也将面临债务危机，乃至破产风险。

此类情形下，如果坚持用法人人格独立的原则来适用单个企业或其关联企业的破产申请，势必会加大企业或其债权人的诉累，增加司法机关的司法成本，关联企业实施合并破产的问题亟待建立、健全相关配套的规则、制度。

根据最高人民法院印发的《全国法院破产审判工作会议纪要》规定，人民法院收到实质合并申请后，应当及时通知相关利害关系人并组织听证，听证时间不计入审查时间。人民法院在审查实质合并申请过程中，可以综合考虑关联企业之间资产的混同程序及其持续时间、各企业之间的利益关系、债权人整体清偿利益、增加企业重整的可能性等因素，在收到申请之日起三十日内作出是否实质合并审理的裁定。符合条件的，可例外适用关联企业实质合并破产方式进行审理。

相关法律规范性文件尚未有关于该申请期限或申请阶段的明确规定。实践中常分为两种情况：其一，破产企业及其关联企业进入破产程序后，破产企业及其关联企业各自申请破产后，由管理人或债权人等申请关联企业实质合并破产，例如，指导案例165号《重庆金江印染有限公司、重庆川江针纺有限公司破产管理人申请实质合并破产清算案》中，管理人依申请对关联企业进行实质合并破产清算。其二，在破产企业及其关联企业尚未进入破产程序前，由债权人或破产企业等作为申请人向人民法院申请将关联企业进行实质合并破产。需要注意的是，申请人在申请阶段应当就破产企业与关联企业间的关联关系、人格混同等承担相应的举证责任。

关联企业是指与其他企业之间存在直接或间接控制关系或重大影响关系的企业。人民法院在认定关联企业人格混同或存在关联关系时，通常从如下几个方面进行判定：人员结构、组织架构、交叉持股、财务混同、关联债务及互相担保等方面。

例如，本批指导案例中，指导案例163号《江苏省纺织工业（集团）进出口有限公司及其五家子公司实质合并破产重整案》中，该案人民法院认为，关于人格混同的表现形式有如下方面：人员任职高度交叉，未形成完整独立的组织架构；共用财务及审批人员，缺乏独立的财务核算体系；业务高度交叉混同，形成高度混同的经营体，客观上导致六家公司收益难以正当区分；六家公司之间存在大量关联债务及担保，导致各公司的资产不能完全相互独立，债权债务清理极为困难。

人民法院在收到申请人提交的关于适用关联企业实质合并破产的申请后，应当进行实体审理，或可依申请举行听证后对已进入破产程序的关联企业进行实质合并破产清算。

例如，指导案例165号《重庆金江印染有限公司、重庆川江针纺有限公司破产管理人申请实质合并破产清算案》中，根据金江公司和川江公司管理人实质合并破产清算申请，法院组织申请人、被申请人、债权人委员会成员等利害关系人进行听证，查明两公司法人人格高度混同、相互经营中两公司债权债务无从分离且分别清算将严重损害债权人公平清偿利益，故管理人申请金江公司、川江公司合并破产清算符合实质合并的条件，人民法院裁定对金江公司、川江公司进行实质合并破产清算。

例如，指导案例163号《江苏省纺织工业（集团）进出口有限公司及其五家子公司实质合并破产重整案》，合并重整程序启动后，管理人对单个企业的债权进行合并处理，同一债权人对六家公司同时存在债权债务的，经合并进行抵销后对债权余额予以确认，六家关联企业相互之间的债权债务在合并中作抵销处理，并将合并后的全体债权人合为一个整体进行分组。根据破产法规定，债权人分为有财产担保债权组、职工债权组、税款债权组、普通债权组，同时设出资人组对出资人权益调整方案进行表决。该公司通过引入优质资产进行重组，盘活企业经营；调整出资人权益，以“现金+债转股”的方式统一清偿债务，并引入“预表决”机制等方式，较好地保障了债权人的知情权和选择权，自主发表意见，从而使“债转股”清偿方式得以顺利进行。

适用实质合并规则进行破产清算的，破产程序终结后各关联企业成员均应予以注销。适用实质合并规则进行和解或重整的，各关联企业原则上应当合并为一个企业。根据和解协议或重整计划，确有需要保持个别企业独立的，应当依照企业分立的有关规则单独处理。关于人民法院裁定实质合并时利害关系人的权利救济方式，根据最高人民法院印发的《全国法院破产审判工作会议纪要》规定，相关利害关系人对受理法院作出的实质合并审理裁定不服的，可以自裁定书送达之日起十五日内向受理法院的上一级人民法院申请复议。

例如，指导案例165号《重庆金江印染有限公司、重庆川江针纺有限公司破产管理人申请实质合并破产清算案》中，人民法院的裁判理由载明，公司作为企业法人，依法享有独立的法人人格及独立的法人财产。人民法院在审理企业破产案件时，应当尊重企业法人人格的独立性。根据企业破产法第二条规定，企业法人破产应当具备资不抵债，不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力等破产原因。因此，申请关联企业破产清算一般应单独审查是否具备破产原因后，决定是否分别受理。但受理企业破产后，发现关联企业法人人格高度混同、关联企业间债权债务难以分离、严重损害债权人公平清偿利益时，可以对关联企业进行实质合并破产清算。

如上所述，人民法院及时对各关联企业进行实质性的合并，符合破产法关于公平清理债权债务、公平保护债权人、债务人合法权益的原则要求。有利于公平清理债权债务，公平保护全体债权人和债务人的合法权益，从而维护社会主义市场经济秩序。在关联企业存在人格高度混同及不当利益输送的情形下，不仅严重影响各关联企业的债权人公平受偿，同时也严重影响了社会主义市场经济的公平竞争原则，从根本上违反了企业破产法的实质精神。